A Secretaria de Formação é responsável pelo Programa de Acompanhamento a Estudantes de Teologia, que envolve desde a motivação vocacional ao estudo da teologia, os fundos de financiamento estudantil e o diálogo com os três centros de formação teológica conveniados com a Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil (IECLB).
Também faz parte de sua atribuição acompanhar o plano de formação para lideranças não ordenadas e para ministros e ministras, o diálogo com o Conselho de Educação e o acompanhamento dos editais de projetos na área da formação.